國健署解釋微波爐的運作方式，當食物放進微波爐中並啟動後，電磁波會穿透至食物內，讓食物中的水分子與微波頻率共振，使得分子間磨擦生熱，由外而內傳遞熱能，達到熱菜的目的，有科學實證指出，此種電磁波並不會對人體產生致癌疑慮，呼籲民眾切勿以訛傳訛。
國健署表示，美國癌症協會（ACS）曾提到微波爐內的電磁波，並非能導致細胞異變的「伽馬射線」或「X射線」，使用微波爐烹調料理不會重塑食物中的分子排列，或改變它原有的化學結構，美國食藥局（FDA）也曾指出，使用微波爐代替瓦斯爐烹調料理，可能還會保留食物中更多的營養價值。